张锡纯论温病，本于仲景，推崇六经之说，认为温病治法已备于伤寒。 “如温病初起治宜辛凉，然辛凉之法亦备于伤寒”。通过对《伤寒论》的深入研究，他认为《伤寒论》一书，原以中风、伤寒、温病平分三项，特于太阳首篇详细言之，以示人人手之正道，至后论治法之处，则三项中诸证皆可浑流于六经，只言某经所见之某种病，宜治以某方，不复分为中风、伤寒、温病，此乃纳繁于简之法，亦即提纲挈领之法也”。明确指出伤寒原文首冠以“伤寒”者，实际上是统中风、温病而言， “伤寒”二字只不过是中风、伤寒、温病三项之总称，只是在论脉处有区别而已。鉴上，在温病治疗上，张氏提出“伤寒、温病之治法始异而终同”的观点。所谓“始异”，即伤寒初起宜用辛温治之，温病初起必用辛凉；谓其“终同”，即病传阳明之后，不论伤寒、温病，皆宜治以寒凉，而大忌温热。
在《伤寒论》六经分篇中，张氏认为其方之宜于温病治疗者不胜枚举，如麻杏石甘汤、承气汤，大青龙汤、黄连阿胶汤等，这些方剂不但治温病新感，也用于伏邪温病的治疗，若仅仅理解为治疗阳明病证、少阴热化证是属片面的。
除此，张氏还根据六经分证的理论，提出温病不同阶段的治疗大法。若温病初得者，麻杏石甘汤、大青龙汤、小青龙汤加石膏、小柴胡汤皆可用之；若温病传经入里，可用白虎汤、白虎加人参汤清热除烦，生津止渴，通腑攻下可用三承气汤；开结胸可用大小陷胸汤；冶肠热下利用黄芩汤、白头翁汤；治温病发黄则宜茵陈蒿汤、栀子柏皮汤等。其他如凉润清火、育阴安神的竹叶石膏汤、黄连阿胶汤等，可用于温病不同阶段的治疗。上述籍以强调仲景六经辨证不仅只为伤寒而设，温病治法方药也涵盖在其中旷伤寒、温病治法之别，在于“始异而终同”。这与清代医家杨璇在临寒瘟疫条辨》中阐发的伤寒瘟疫病机之说有雷同之处。
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